La destrucción de las áreas productoras de materia orgánica en el ambiente estuario (pastos marinos, o bosques de manglar), disminuye la productividad del sistema y limita directamente su potencial productivo de especies de importancia comercial como peces, crustáceos y moluscos. Otro factor que afecta los estuarios es la construcción de carreteras, diques, drenajes o estructuras para diversificación de aguas, ya que generan disminución des la escorrentia de agua dulce que llega a los manglares, incrementan la salinidad y reducen el aporte de nutrientes y sedimentos.
De igual forma, la interrupción o alteración de la circulación de las mareas, ocasionada por canalización; construcción de diques para acuicultura o la construcción de carreteras sobre rellenos, pueden ocasionar un incremento de la salinidad y mortandad masiva de manglares. Además, se inhibe el movimiento de organismos hacia y desde el manglar, así como el transporte de materia orgánica hacia el estuario.
La deforestación extensiva, escorrentia de pesticidas, sobrecarga de contaminantes y sedimentación excesiva, originada por dragado o uso de tierras cuenca arriba, pueden ocasionar pérdidas serias de manglares.